Struktur Organisasi Kantor Kementerian Agama Kab. Luwu Utara berdasarkan PMA Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama pasal 756 terdiri atas :
a. Subbagian Tata Usaha;
b. Seksi Pendidikan Islam;
c. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
d. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
e. Penyelenggara Zakat dan Wakaf;
f. Penyelenggara Kristen; dan
g. Kelompok Jabatan Fungsional.